Durante la Edad Media, Haro creció absorbiendo la población de villas cercanas como Tondón y Bilibio. En 1187, Alfonso VIII de Castilla la dio fuero, confirmado por Alfonso X el Sabio (1254), que contenía el régimen político, administrativo, penal y económico que dominó la villa. En la Baja Edad Media (1358) se celebró en Haro una junta con objeto de reglamentar una hermandad de distintas poblaciones con el fin de defenderse de los desmanes que se originaron durante este tiempo.

En los siglos XIV y XV, la villa pasó a poder de los Trastamara y posteriormente a Navarra, hasta que en 1430, Juan II de Castilla la donó a Don Pedro Fernández de Velasco, con el título de Conde de Haro, por la ayuda recibida en su lucha contra Juan II de Aragón.
En 1627 se estableció la imprenta en Haro, siendo la primera obra editada, siendo su impresor Juan de Mongastón en 1631.